特异长链非编码RNA在肝细胞癌中的表达和验证

摘要：目的：分析肝细胞癌组织与配对癌旁组织中表达差异的长链非编码RNA（lncRNA）,探讨可能与肝细胞癌发生发展有关的特异lncRNA。方法：采用lncRNA芯片技术,检测5例肝细胞癌和其配对癌旁正常组织中的lncRNA和mRNA,筛选出差异表达的lncRNA和mRNA。运用分层聚类分析,GO分析和pathway分析等生物信息学技术对其进行分类。最后从中选择10个lncRNA用RT-PCR进行定量验证。结果：有1 359个lncRNA表达水平出现显著性差异,差异倍数〉2倍。629个显著上调,占46.2%,其中125个表达5倍以上;730个显著下调,占53.7%,其中110个表达5倍以上。聚类分析结果：（1）基因间lncRNA有11 706条,其中与已知编码基因相距〈300 kb的lncRNA共有352条。（2）增强子型lncRNA共有1 802条,其中与已知编码基因相距〈300 kb的lncRNA共有42条。（3）HOX基因簇共有101条。GO分析将mRNA分成分子功能、生物过程和细胞组分3类。Pathway分析结果：差异表达的mRNA基因所参与的细胞生命活动调控通路共有61条,上调表达的mRNA参与12条通路,下调表达的mRNA参与49条通路。参与细胞周期和化学致癌作用的表达水平明显改变。RT-PCR结果：8条lncRNA表达趋势与基因芯片结果一致。对癌组和癌旁组进行检验,有6条有显著性差异（P〈0.05）。结论：与癌旁组织比较,lncRNA肝细胞癌组织中的表达水平明显改变,可能与肝细胞癌的发生发展有关。