摘要：地表水体的粪便污染是畜禽养殖业导致的主要环境污染问题之一,准确鉴别污染来源并从源头上控制畜禽动物粪便排放对于水体粪便污染治理具有重要意义。微生物溯源(Microbial source tracking,MST)是依据源指示微生物与宿主之间所具有的特异性关系来定位污染源的一类溯源技术。根据报道,多种肠道微生物可作为源指示微生物用于地表水环境的粪便污染溯源分析,并基于其表型或者基因型特征开发出多样化的检测方法,包括依赖培养的检测和不依赖培养的分子检测。从不同类型的源指示微生物入手,围绕两类主要的 MST 方法,即单源指示物法和多源指示物法,具体包括细菌指示物法、病毒指示物法、DNA 微阵列法及高通量测序法等,重点综述了不同类型的源指示微生物及其常用的检测方法,包括其原理及优缺点,并讨论了目前 MST技术所面临的问题与挑战。此外,还对现有的 MST 技术在美国环境保护署(U.S. Environmental protection agency,EPA)推行的最大日负荷总量(Total maximum daily load,TMDL)方案制定过程中的应用做了简要概述,并对 MST 技术的发展趋势进行展望,以期促进 MST 技术在我国环境水质监测领域中的应用。