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通过生物信息学方法构建调控网络筛选前列腺癌关键基因

叶芸; 刘冰; 相莲; 袁小华; 王雨琛; 李苏亮 西安医学院第一附属医院输血科; 西安710077
  • 前列腺癌
  • 调控网络
  • 关键基因
  • 生物信息学

摘要:目的利用生物信息学方法揭示和研究与前列腺癌(PCa)相关的分子机制中潜在功能基因。方法从GEO数据库的GSE64318和GSE46602数据集获得原始基因表达谱,使用以R软件limma包为基础在线工具GEO2R对两组基因表达进行差异分析。通过预测差异表达的miRNA,mRNA和lncRNA之间的相互作用及作用靶基因,构建mRNA-miRNA-lncRNA相互作用网络。对差异表达的miRNA和miRNA的靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析并构建蛋白质互作网络。结果研究结果表明60个miRNAs、1 578个mRNAs和61个lncRNAs在PCa中有差异表达。mRNA-miRNA-lncRNA网络由5个miRNA、13个lncRNA和45个mRNA组成。差异表达基因主要富集于细胞核和细胞质,参与调控转录,与序列特异性DNA结合相关,并且参与调控PI3K-Akt信号通路,这些通路与癌症和局灶性粘连信号通路有关。此外,6个mRNA(EGFR、VEGFA、PIK3R1、DLG4、TGFBR1和KIT)在相互作用网络中发挥着重要的调控作用。结论通过建立和分析前列腺癌调控网络,为进一步研究前列腺癌的发生过程及其发展提供了有价值的线索。

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