摘要：目的:为我国医药企业优化资源配置和精准投入提供依据。方法:检索中国知识产权网中我国医药行业发明专利申请数量,分析我国医药行业专利申请主体的现状及结构。运用SPSS 23.0软件对我国医药企业发明专利申请数量与其研发经费投入情况及主营业务收入进行投入产出的相关性分析。结果:我国医药行业发明专利申请量逐年递增,2000-2015年在我国申请医药领域发明专利的国内申请主体共申请发明专利225 861件,国外申请主体共申请发明专利43 149件;国内申请主体的职务发明比例仅为49.94%,国外申请主体的职务发明比例为96.79%。我国医药企业研发经费投入与其发明专利申请数量之间呈正相关,表明我国医药行业的研发投入有利于促进发明专利的申请;医药企业主营业务收入与医药企业发明专利申请数量亦呈正相关,表明医药企业发明专利申请数量的增加有效扩大了医药行业的经济规模。结论:我国医药行业发明专利主体的结构与国外相比亟待调整,医药企业尚未成为发明专利的主要申请主体;医药企业持续的研发经费投入有效促进了发明专利的申请,扩大了医药行业的经济规模。