千里光茎和叶的差异表达基因分析

摘要：以千里光(Senecio scandens Buch.-Ham.ex D.Don)强抗菌性植株SC-32为研究对象,分别提取其茎和叶的总RNA,经质量检测合格后构建cDNA文库,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台对千里光茎和叶的cDNA文库进行转录组测序,筛选差异表达基因,并运用Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG数据库对差异表达基因进行功能分析。结果表明:从千里光茎和叶的cDNA文库中分别获得26 147 016和26 996 119个clean reads,Q30值分别为95.17%和94.74%,说明其转录组测序结果良好。从千里光的茎和叶中共筛选到10 991个差异表达基因,以茎中差异表达基因的表达量为准,叶中上调的差异表达基因有5 542个,下调的差异表达基因有5 449个。千里光的茎和叶中共有7 683个差异表达基因被GO功能注释成生物过程、细胞组分和分子功能3个大类53个亚类,且这些差异表达基因与信号传导途径、次生代谢过程、细胞组分合成和酶催化活性等密切相关。KEGG代谢通路分析结果表明:共有4 527个差异表达基因,涉及50个代谢通路,主要参与碳代谢、氨基酸生物合成及淀粉和蔗糖代谢。研究结果显示:千里光茎和叶的差异表达基因具有器官特异性,并且,其茎和叶的分化和形成与多糖和蛋白质累积密切相关。